W stanie faktycznym, będącym przedmiotem zapytania, dla określenia stawki podatku od towarów i usług lub ewentualnego zastosowania zwolnienia od tego podatku w przypadku przedmiotowej nieruchomości istotne są następujące kwestie:
a) spółka cywilna nabyła nieruchomość w 2000 r. i transakcja była zwolniona od podatku VAT, zaś budynek liczy ok. 100 lat, spełnione są zatem zawarte w art. 43 ust. 1 pkt 2 oraz ust. 2 pkt 1 tego samego artykułu ustawy podstawowe warunki uznania budynku za towar używany,
b) spółka wprawdzie poniosła wydatki na ulepszenie budynku w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym przekraczające 30 % wartości początkowej i od tych wydatków przysługiwało jej odliczenie podatku naliczonego, jednak okres użytkowania przez spółkę przedmiotowej nieruchomości do chwili jej zbycia przekroczył 5 lat. Przy tym za zbycie traktować należy przekazanie tej nieruchomości innemu podatnikowi VAT, nawet w sytuacjach gdy w sensie cywilnoprawnym nie nastąpiła zmiana właściciela (np. przekazanie z majątku małżeńskiej spółki cywilnej będącej podatnikiem VAT jednemu z małżonków).
W tym kontekście należy zwrócić uwagę, że zgodnie z art. 43 ust. 6 ustawy zwolnienia od podatku VAT nie stosuje się do dostawy towarów używanych, jeżeli wydatki na ulepszenie stanowiły co najmniej 30 % wartości początkowej a równocześnie podatnik użytkował te towary w okresie krótszym niż 5 lat w celu wykonywania czynności opodatkowanych. Ustawa nie wskazuje żadnego konkretnego sposobu ustalania tego okresu, należy zatem przyjąć, że chodzi o cały okres wykorzystywania, zarówno przed dokonaniem ulepszeń, jak i w ich trakcie czy po ich zakończeniu, nie jest też istotna data przekroczenia 30-procentowego limitu. Ważne jest jednak, że chodzi nie o okres posiadania czy przysługiwania prawa własności, lecz o okres użytkowania, co oznacza, że np. nie zalicza się tu czasu od chwili nabycia do faktycznego wprowadzenia do użytkowania po zakończeniu okresu inwestycji czy przystosowania. Każdą inną interpretację należy odrzucić, gdyż wymagałaby wyraźnego stosownego zapisu w ustawie. Użycie w tym przepisie sformułowania "użytkował te towary w okresie krótszym niż 5 lat w celu wykonywania czynności opodatkowanych" wskazuje, że chodzi tu o całkowity okres użytkowania tych towarów do działalności opodatkowanej, a nie o okres od zakończenia modernizacji, czy też o okres liczony od momentu przekroczenia ww. kwoty wydatków poniesionych na modernizację.
Przekazanie budynku będącego środkiem trwałym spółki cywilnej do majątku innego podatnika VAT, także gdy tym podatnikiem jest wspólnik spółki przekazującej będący równocześnie małżonkiem drugiego wspólnika, jest czynnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, zatem wyłączenie tej czynności z zakresu podlegających opodatkowaniu przez ww. spółkę należy uznać za błąd. Pozostaje to jednak bez znaczenia dla kwalifikacji podatkowej zbycia budynku przez wspomnianego przedsiębiorcę. Przekazanie ze spółki podlegało bowiem opodatkowaniu, równocześnie jednak - w świetle wcześniejszych wywodów - korzystało ze zwolnienia z opodatkowania na podstawie art. 43 ust.1 pkt 2 ustawy. Skoro tak, to jednoosobowy przedsiębiorca - podatnik VAT dokonujący zbycia także korzysta z prawa do zwolnienia tej transakcji z podatku VAT, bowiem transakcja spełnia podstawowe warunki dla tego zwolnienia: brak prawa do odliczenia podatku naliczonego w chwili nabycia, wiek budynku przekraczający 5 lat oraz - w tym przypadku - nakłady na ulepszenie niższe niż 30 % wartości początkowej.
Pozostaje do wyjaśnienia kwestia opodatkowania zbycia prawa wieczystego użytkowania gruntu pod ww. budynkiem, przy czym istotne jest, że na gruncie tym nie znajdują się inne budynki lub budowle. Zgodnie z § 8 ust. 1 pkt rozporządzenia ministra finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług zwalnia się od podatku od towarów i usług zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, jeżeli budynki te lub budowle albo ich części są zwolnione od podatku lub opodatkowane stawką podatku w wysokości 0 %. Ponieważ w interesującym nas przypadku zbycie budynku korzysta ze zwolnienia od VAT, także zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu korzysta ze zwolnienia.
Podsumowując: w opisanym stanie faktycznym zarówno zbycie budynku, jak i prawa wieczystego użytkowania gruntu, na którym ten budynek jest posadowiony, podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, jednak jest od tego podatku zwolnione.
