Zgodnie z zasadą ogólną, wynikającą z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT), w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. W sytuacji, gdy w danym okresie rozliczeniowym (miesiącu, kwartale) kwota podatku naliczonego przewyższa kwotę podatku należnego, na podstawie art. 87 ust. 1 ustawy o VAT różnica ta podlega odliczenia od podatku należnego w rozliczeniu za następne okresy lub zwrotowi na rachunek bankowy.
Ponieważ prawo do odliczenia podatku naliczonego realizowane jest bezpośrednio po powstaniu podatku naliczonego (na podstawie otrzymanych faktur, ew. innych dokumentów), decydujące znaczenie dla oceny istnienia prawa do odliczenia ma zamiar towarzyszący dokonaniu nabycia, przejawiający się w związku tego nabycia niekoniecznie z bieżącymi, lecz także z przyszłymi czynnościami opodatkowanymi. Jeśli podatnik zamierza wykorzystać dane towary lub usługi dla celów działalności opodatkowanej, to jest uprawniony do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu tych towarów i usług, także w sytuacji gdy realizując prawo do odliczenia (przez wykazanie nabycia w deklaracji VAT) tych towarów lub usług jeszcze fizycznie nie wykorzystał na potrzeby tej działalności.
Jak wynika z treści § 2 umowy (…), projekt składa się z fazy badawczej obejmującej badania przemysłowe lub prace rozwojowe, skierowane na zastosowanie w działalności gospodarczej oraz z fazy przygotowania do wdrożenia obejmującej działania, których celem jest przygotowanie wyników fazy badawczej do zastosowania w działalności gospodarczej. Z powyższego (oraz faktu zarejestrowania Instytutu (…) jako czynnego podatnika VAT) wynika bezsporny związek wydatków (w tym nabyć towarów i usług) ponoszonych w związku z realizacją umowy z przyszłymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem VAT. W konsekwencji, w oparciu o ww. przepisy ustawy o VAT, przysługuje ww. podatnikowi prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony lub zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym.
Naturalnie, w przypadku częściowego choćby wykorzystania dokonywanych nabyć na potrzeby przyszłej sprzedaży niepodlegającej opodatkowaniu lub zwolnionej od podatku, odliczenie przysługuje w całości lub w części. Tak mogłoby być, gdyby przykładowo Instytut wykorzystywał wyniki nabytych usług inżynierskich do świadczenia w przyszłości usług edukacyjnych zwolnionych od podatku, przy czym i wtedy związek ten musiałby być oczywisty (czyli nie chodzi o wykorzystanie wiedzy zdobytej w ten sposób do świadczenia usług edukacyjnych, lecz o możliwość uznania, że samo świadczenie takich usług jest wynikiem nabycia usługi inżynierskiej).
Należy podkreślić, że obniżenie podatku należnego o naliczony (lub zwrot nadwyżki) nie jest rodzajem ulgi podatkowej, jak w przeszłości było traktowane przez część doktryny, lecz zasadniczym elementem konstrukcji podatku naliczonego, opierającej się o zasadę opodatkowania ostatecznej konsumpcji (w związku z czym podatnik stanowiący ogniwo na drodze do ostatecznego konsumenta, wystawiając fakturę dokumentującą własną sprzedaż, musi mieć zagwarantowane prawo do odliczenia podatku naliczonego. Wyjątki od zasady odliczenia podatku naliczonego (mimo związku nabyć ze sprzedażą opodatkowaną) zawiera art. 88 ustawy o VAT, jednak przy zachowaniu procedur i przestrzeganiu rzetelności dokumentowania tych nabyć fakturami wyjątki te nie będą miały zastosowania w niniejszej sprawie.
W tym miejscu można zwrócić uwagę, że w interpretacji indywidualnej nr IPPP1/443-411/12-2/AP z 2 sierpnia 2012 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie potwierdził stanowisko podatnika, zgodnie z którym w konkretnym stanie faktycznym będącym przedmiotem wniosku, podatnikowi temu nie przysługiwało prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Taka interpretacja wynikała jednak z faktu, iż podatnik poinformował, że sfinansowane z udziałem środków unijnych nabywane towary i usługi wykorzystywane są wyłącznie do nieodpłatnego świadczenia usług, które (w tym konkretnym stanie faktycznym) nie było zgodnie z art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT traktowane jako czynność podlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT. Ponieważ dokonywane zakupy nie wykazywały związku ze sprzedażą opodatkowaną, organ podatkowy potwierdził stanowisko podatnika o braku możliwości odliczenia podatku.
Reasumując:
Podatek naliczony wynikający z nabycia przez zarejestrowanego czynnego podatnika od towarów i usług usługi podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, związanej z przyszłymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu tym podatkiem, podlega odliczeniu od podatku należnego bądź zwrotowi bezpośredniemu.